Das Kircheninstitut wurde in der Zeit des Frühpastafaritum auf Initiative eines Kreises um Joseph Capellini gegründet. Die Gründung wird allgemein auf das Jahr der Verkündigung des Evangeliums des Fliegenden Spaghettimonsters durch Prophet Bobby Henderson datiert. In dem Gründungsdokument heißt es:
»Die Kirche des Fliegenden Spaghettimonsters wird darauf hinwirken, dass die verschiedenen pastafarischen Gruppierungen die bei ihnen seit der Verkündigung des Bobbyevangeliums auflaufenden Informationen mit dem Kircheninstitut teilen. Über die endgültige Einrichtung wird Joseph Capellini auf der nächsten Tagung berichten.«
So begab es sich damals und es erscheint heute selbstverständlich, dass das Kircheninstitut seinen Sitz an einer Universität in der Kirchenrepublik Deutschland hat, um in Zusammenarbeit mit den dortigen Fachbereichen die ihm übertragenen Aufgaben zu erledigen.
Bekannte Pastafari in der Geschichte
Durch die Geschichte hindurch haben die Menschen ihren Glauben auf vielfältige Weise zum Ausdruck gebracht. Das Kircheninstitut hat erforscht, dass die Anhängerschaft des Pastafaritum – die Zahl der Pastafari – weit in die nominelle Anhängerschaft anderer Religionen und Weltanschauungen hineinreicht. Denn die Anhängerschaft ist nicht an der Anzahl der Menschen in Piratengewändern zu bemessen, sondern an der geistigen Verbundenheit, die gleichwohl oft nicht allgemein bekannt ist. Ein erstes Beispiel liefert uns das Evangelium. So zählte der Prophet schon zum Zeitpunkt der Offenbarung des Evangeliums den nominell methodistischen, wiedergeborenen Christen und 43. Präsidenten der Vereinigten Staaten von Amerika, George W. Bush, zu den heimlichen Pastafari. Als Beleg zitiert er Bushs öffentlich verkündete Ansicht im Evangelium:
»Bildung bedeutet auch, die Menschen mit unterschiedlichen Lehrmeinungen zu konfrontieren.«
Mit diesem Satz gelang es dem US-Präsidenten, die geistige Verbundenheit zum Pastafaritum für jeden evident zu machen.
In gleichem Sinne sind im deutschen Sprachraum als Pastafari hervorgetreten:
Der Grundstock dieser Sammlung stammt aus Capellinis Werk »Einführung in das Pastafaritum«.